Для организации нескольких сервисов с разными адресами на одной машине следует прибегнуть к использованию подсети. Таким образом, у сервера с Yggdrasil появляется условно неограниченное количество адресов из диапазона 300::/64 (с учетом префикса адреса из 0200::/7), каждый из которых, например, можно присвоить новой виртуальной машине, либо просто запустить несколько сайтов на разных адресах из этого диапазона с использованием одного и того же номера порта.

Учтите физические ограничения производительности вашего сервера!

Читайте статью про назначение нескольких адресов из подсети Yggdrasil на одном устройстве.

Если по каким-то причинам вы не хотите использовать адреса из маршрутизируемой подсети, хотите, чтобы каждый сервис работал на своём адресе из диапазона 0200::/7, вам придется прибегнуть к средствам виртуализации или размещению экземпляров Yggdrasil в контейнеры. Просто запустить несколько экземпляров Yggdrasil на одном устройстве получится, но корректно работать они не будут, ввиду необходимости разделения маршрутов конкурирующих устройств в диапазоне 0200::/7 по сетевым пространствам имен (network namespaces (см. Ссылки)).

В статье Yggdrasil в контейнере LXC рассмотрена возможность запуска Yggdrasil в контейнере LXC.

В качестве другого варианта можно порекомендовать использование контейнеров Docker.

При всём этом, нужно учитывать, что каждый экземпляр Yggdrasil, как минимум требует ресурсы для шифрования передаваемого внутри сети трафика.

Пример запуска нескольких экземпляров Yggdrasil на одном устройстве с разделением по сетевым пространствам имен: https://github.com/yggdrasil-network/yggdrasil-go/blob/develop/misc/run-schannel-netns
Механизмы контейнеризации: cgroups - https://habr.com/ru/company/selectel/blog/303190/
Механизмы контейнеризации: namespaces - https://selectel.ru/blog/mexanizmy-kontejnerizacii-namespaces/
Углубленное знакомство с пространствами имен Linux. Часть 1 - https://habr.com/ru/company/ruvds/blog/592057/